Als hoofdtrainer startte hij op slechts 25-jarige leeftijd zijn loopbaan bij Spartanen, waar hij direct succes boekte in de vorm van een periodetitel in de 3e klasse. Hierna stond hij vier seizoenen aan het roer bij Sporting Andijk, waarmee hij kampioen werd in de 4e klasse en vervolgens op een niveau hoger in stijl afsloot met een 3e plaats én periodetitel. Berkhout, met een achtergrond als docent lichamelijke opvoeding, kende bij zijn volgende club Spirit ’30 een succesvol eerste seizoen door te promoveren naar de 2e klasse. Redenen in overvloed voor zijn oude club Spartanen om hem in 2020 opnieuw vast te leggen voor een tweede termijn. In het tweede seizoen sinds zijn rentree bij de club uit Wognum, op dit moment onderbroken door corona, staat hij met zijn ploeg op plek 6 in de 2e klasse.
Hollandia T is zeer content met de aanstelling van de ambitieuze, jonge trainer Jan Berkhout en ziet in hem de aangewezen persoon om in de komende seizoenen het maximale uit de talentvolle spelersgroep te halen. Beide partijen kijken dan ook uit naar een plezierige samenwerking, zo laat de club weten op de eigen website.